A Direção do Agrupamento de Escolas Sebastião da Gama é composta pela diretora, que é coadjovada pela sub-diretora e por três adjuntos.
As competências deste orgão são de administração e gestão das áreas pedagógicas, culturais, administrativas e financeiras, que se encontram definidas no artigo 20.º do Decreto-Lei n.º 137/2012.